የኢፌዴሪ መንግስት ለትምህርቱ ዘርፍ በሰጠው ሰፊ ትኩረት ቁጥራቸው ከ46 በላይ የሆኑ የመንግስት ከፍተኛ ትምህርት ተቋማትን ማቋቋሙ ይታወቃል። በመሆኑም በተሻሻለው የከፍተኛ ትምህርት ማቋቋሚያ አዋጅ ቁጥር 1097/2011 መሠረት በትምህርት ሚኒስቴር እውቅና ከተቋቋሙት የመንግስት ዩኒቨርሲቲዎች መካከል አንዱ የወልቂጤ ዩኒቨርሲቲ ነው።

የአካባቢውን ህብረተሰብ የልማት ጥያቄ መሰረት በማድረግ የዩኒቨርሲቲውን ግንባታ ለማስጀመር የሚያግዝ የመሠረት ድንጋይ የተጣለው በ2001 ዓ.ም ሲሆን ተቋሙ ከመዲናችን አዲስ አበባ በ174 ኪ.ሜ ርቀት ከጉራጌ ዞን ዋና ከተማ ወልቂጤ በ14 ኪሎ ሜትር ርቀት ላይ በሚገኘው በጉብርየ ክ/ከተማ በ180 ሄክታር መሬት ላይ ከትሞ ይገኛል።

ከሦስተኛ ትውልድ ዩኒቨርሲቲዎች መካከል የሚመደበውና በተግባር ሳይንስ ዩኒቨርሲቲዎች (University of Applied Sciences) ልየታ ዘርፍ  የተደለደለው  የወልቂጤ ዩኒቨርሲቲ ለመጀመሪያ ጊዜ ሥራውን የጀመረው በወልቂጤ ፖሊቴክኒክ ኮሌጅ ውስጥ ሲሆን በወቅቱም በሦስት ኮሌጆች ማለትም በምህንድስናና ቴክኖሎጂ ኮሌጅ 353 ተማሪዎችን በመቀበል ፣ በኮምፒዩቲንግና ኢንፎርማቲክስ ኮሌጅ 114 ተማሪዎችን እና በተፈጥሮና ቀመር ሳይንስ ኮሌጅ 84 ተማሪዎችን በድምሩ 551 ተማሪዎችን በመቀበል 13 የትምህርት ክፍሎችን በመክፈት የማስተማር ሥራውን  ጀምሯል።

ዩኒቨርሲቲው ለመጀመሪያ ጊዜ የማስተማር ሥራ የጀመረባቸው የትምህርት ክፍሎች ሲቪል ምህንድስና ፣ ኮንስትራክሽንና ቴክኖሎጂ ማኔጅመንት፣ ኬሚካል ምህንድስና፣ መካኒካል ምህንድስና፣ የምግብ ምህንድስና፣ አርክቴክቸር፣ ኤሌክትሪካል ምኅንድስና፣ ጋርመንት ምህንድስና፣ ኮምፒዊተር ሳይንስ፣ የመረጃ ቴክኖሎጂ፣ የመረጃ ሲስተም፣ አፕላይድ ባዮሎጂ እና አፕላይድ ፊዚክስ ናቸው።

ዩኒቨርሲቲው ለአንድ ዓመት ያህል በወልቂጤ ፖሊ ቴክኒክ ኮሌጅ ቆይታ ካደረገ በኋላ በጉብርየ የሚገኘው የዩኒቨርሲቲው ዋናው ካምፓስ ተማሪዎችን ለመቀበል ዝግጅቱን በማጠናቀቁ በ2005 ዓ.ም ከወልቂጤ ፖሊ ቴክኒክ ኮሌጅ ወደ ዩኒቨርሲቲው ዋናው ካምፓስ (ጉብርየ) በመዛወር የማስተማር ሥራውን የቀጠለ ሲሆን በዚሁ ዓመት የተማሪ የቅበላ አቅሙን ወደ 1,156 በማሳደግ አራት ተጨማሪ ኮሌጆችን ማለትም የህክምና እና ጤና ሳይንስ ኮሌጅ ፤ የማህበራዊ ሳይንስና ሥነ-ሰብ ኮሌጅ ፤ የግብርናና የተፈጥሮ ሀብት አያያዝ ኮሌጅ እና ቢዝነስና ኢኮኖሚክስ ኮሌጅን መክፈት ችሏል።

በተመሳሳይ በ2006 የትምህርት ዘመን በተጨማሪነት የሕግ ትምህርት ቤትን በመክፈት የትምህርት ክፍሎቹን ቁጥር ወደ 32 ከፍ በማድረግ የተማሪ የቅበላ አቅሙን ወደ 2,227 ሊያሳድግ ችሏል።

ዩኒቨርሲቲው የሀገሪቱን የተማረ የሰው ኃይል ፍላጎት ለማሟላት ከመቋቋሙ አንጻር በ2006 የትምህርት ዘመን ለመጀመሪያ ጊዜ በሁለት የትምህርት ክፍሎች ማለትም በአፕላይድ ባዮሎጂና በአፕላይድ ፊዚክስ የትምህርት ዓይነቶች 65 ተማሪዎችን ያስመረቀ ሲሆን የሚያስመርቃቸውን ተማሪዎች ቁጥር በማሻሻል በአጠቃላይ ባለፉት አሥር ዓመታት ውስጥ ከ17,000 በላይ ተማሪዎችን በማስመረቅ በሀገር አቀፍ ደረጃ  የተማረ የሰው ሀይል በማፍራት ረገድ የበኩሉን አስተዋጽኦ ለማበርከት ችሏል።

ዩኒቨርሲቲው ተደራሽነቱን በማስፋትና የሚከፍታቸውን የትምህርት ክፍሎችን ከማሳደግ አንጻር በ2011 የትምህርት ዘመን የትምህርትና የስነ ባህሪ ኮሌጅን በመክፈት የኮሌጆቹን ቁጥር ወደ ስምንት ከፍ ለማድረግ ችሏል።

በመሆኑም ዩኒቨርሲቲው የቅበላ አቅሙን በብዛትና በጥራት ይበልጥ በማሻሻል በአሁኑ ሰዓት (2015 ዓ.ም መጨረሻ) በተቋሙ ውስጥ ስምንት ኮሌጆችና አንድ ትምህርት ቤት የሚገኙ ሲሆን በእነዚህ ኮሌጆች ሥር 51 የትምህርት ክፍሎችን በመክፈት በመጀመሪያ ዲግሪ 51 ፣ በሁለተኛ ዲግሪ 27 ፣ እንዲሁም 2 ስፔሻሊቲ መርሐ ግብሮችን ከፍቶ የዩኒቨርሲቲው አጠቃላይ የተማሪ የቅበላ አቅሙን ከፍ ማድረግ ችሏል።